Fundacja Centrum Dokumentacji Czynu Niepodległościowego powołana przez Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego, Wojewodę Krakowskiego i Prezydenta Miasta Krakowa została zarejestrowana 16 czerwca 1998 r.
Wpłaty kapitału początkowego, określonego aktem powołania Fundacji, w pełni zrealizowane zostały dopiero w jesieni tego roku. Pierwszą wpłatę (darowiznę) Fundacja otrzymała w grudniu 1998 r. Tym samym uruchomiona została księgowość Fundacji. Siedzibą Fundacji od początku była Biblioteka Jagiellońska, która w przyszłości przejmie zbiory Fundacji.
Pierwszym zadaniem stojącym wówczas przed organizatorami Fundacji było przygotowanie pierwszego biura-pracowni Fundacji.
