Dział Polska Podziemna obejmuje informacje o zbiorach przechowywanych w Bibliotece Jagiellońskiej (druki konspiracyjne) i Fundacji CDCN dotyczących dziejów polskiego czynu zbrojnego w czasie II wojny światowej. Uzupełnieniem tej kategorii zbiorów są dokumenty obrazujące martyrologię społeczeństwa polskiego poddanego ideologicznym eksperymentom najeźdźców (niemieckich i rosyjskich) oraz sąsiadów ukraińskich. Dokumenty te to przede wszystkim publikacje (druki konspiracyjne: zwarte, ciągłe i ulotne) oraz fotografie wydane lub wykonane w latach 1939-1945.

Wyjątkowo, w dziale tym znajduje się obecnie archiwum Komisji Historycznej b. ZBOWiD-u, kompletowane w latach 60.-80. XX w., zawierające szereg cennych relacji i źródeł dotyczących wydarzeń z lat 1939-1945.